Los Beatles se embarcan en un submarino amarillo hacia Pepperland, una comunidad invadida por la armada de los Blue Meanies. Deben liberarla de estos malvados y devolver a sus habitantes la música y la alegría. El manejo del color y el encanto del arte pop hacen que la tercera película del grupo de Liverpool sea una fiesta. Los auténticos Beatles sólo aparecen al final en una breve secuencia, cantando la canción `All Together Now´.